Yayasan Bethania Indonesia mempunyai program pendidikan formal yang didirikan pada bulan Agustus 2002 yang berkurikulum Internasional terdiri dari Pendidikan Usia Dini (PAUD) sampai kepada SMA dan Pendidikan Kurikulum nasional sesuai dengan kurikulum pemerintah Indonesia dengan sistem pembelajaran klasikal. Kurikuum Internasional diambil dari Australia (Southern Cross Educational Enterprised/SCEE, yaitu Pendidikan Kristen dengan sistem pembelajaran individu) dimana terdapat sebuah ruang besar yang disebut Learning Center/Pusat belajar, yang terdiri dari beberapa tingkatan kelas dengan 3 orang monitor dan 1 orang supervisor.
Bethany School yang berlokasi di daerah Buper, Waena, terdaftar pada Dinas Pendidikan Kota Jayapura, dan juga secara online di Kemenntrian Pendidikan Nasional di Jakarta dan sudah terakreditasi. Kelas 6, kelas 9 dan kelas 12 pun diikutsertkan sebagai peserta ujian nasional.
Visi & Misi Bethany School adalah mendidik siswa siswi dengan Ilmu pengetahun dan ketrampilan yang berdasarkan kepada prinsip-prinsip Alkitabiah, agar menjadi individu yang berkwalitas dalam ilmu pengetahuan dan iman, sehigga ketika menyelesaikan pendidikan mereka dapat menjadi pemimpin yang berkualitas di tanah Papua ataupun dimana saja mereka berada dan Bethani School menjadi sekolah yang berkualitas dan berkuantitas dalam mencerdaskan anak bangsa serta menjawab tantangan global.
